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Discusión: Electroforesis (carga neta de aa)

  1. #1
    Moderadora Avatar de guadis
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    Electroforesis (carga neta de aa)

    Buenas a cualquiera que ande por ahí un sábado a las 4am...

    resulta que me estoy volviendo loca con este tema que nunca entendí.
    Cómo hago para calcular la carga neta exacta de una aminoácido a distintos pH?

    en mis apuntes tengo que es con la ecuación de HH, pero no entiendo cómo aplicarla. Algún alma caritativa que me quiera/pueda explicar?
    [CENTER][/CENTER]
    [CENTER]When I find my peace of mind, I'm gonna give you some of my good time[/CENTER]

  2. #2
    Manciano Principìante Avatar de nestoreasy
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    Citar Originalmente publicado por guadis Ver post
    Buenas a cualquiera que ande por ahí un sábado a las 4am...

    resulta que me estoy volviendo loca con este tema que nunca entendí.
    Cómo hago para calcular la carga neta exacta de una aminoácido a distintos pH?

    en mis apuntes tengo que es con la ecuación de HH, pero no entiendo cómo aplicarla. Algún alma caritativa que me quiera/pueda explicar?
    Que me quiera???... sono raro... jeje
    Mira, por lo que entendi creo es asi.... Si tenes un aa, cuyo PI:6, su pKa1: 3 (corresponde al COOH). Y un Pka2: 9 (corresponde al NH2).

    Por ejemplo a un pH : 6.
    No corre, su carga neta : 0 (no hay EED). El aa se encuentra en forma de Zwitterion
    COO-
    ()
    NH3+

    Segun Henderson Hasselbach:
    (6-3) 3
    [COO-] = 10 = 10
    [COOH]

  3. #3
    Manciano experto Avatar de eze88
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    Citar Originalmente publicado por nestoreasy Ver post
    Que me quiera???... sono raro... jeje
    Mira, por lo que entendi creo es asi.... Si tenes un aa, cuyo PI:6, su pKa1: 3 (corresponde al COOH). Y un Pka2: 9 (corresponde al NH2).

    Por ejemplo a un pH : 6.
    No corre, su carga neta : 0 (no hay EED). El aa se encuentra en forma de Zwitterion
    pera pera pera. que un aminoácido tenga movilidad electroforética 0 NO significa que NO corra en una corrida electroforética. ello dependerá de la presencia de flujo electroosmótico. en muchos materiales utilizados para este tipo de corridas, HAY flujo electroosmótico, por lo que dicho aminoácido a un pH= pI VA A CORRER sólo determinado por el flujo electroosmótico, pero NO por su propia movilidad frente a la acción de un campo eléctrico provisto por una fuente de poder.
    en lo que respecta a la ecuación de henderson-hasselback, se utiliza para determinar la relación de carga de cualquier especie cargada a un cierto pH. para ello, te vas en una serie de relaciones entre grupos funcionales ionizados y no ionizados. por ejemplo: si tu aminoácido tiene pI=6 y vos querés saber que carga neta tiene, hacés lo siguiente: 1° que nada tenés que saber los grupos funcionales IONIZABLES de la molécula. en este caso, vamos a suponer que tenemos glicina, por lo que tiene SÓLO un grupo amino y un grupo carboxilo(pKa COOH = 2, pKa NH2= 10). entonces, lo calculás así:
    pH = pKa + log[COO-]/[COOH]
    9 = 2 + log[COO-]/[COOH]
    7 = log[COO-]/[COOH]
    10^7 =[COO-]/[COOH]

    ello implica que si tenemos 10.000.001 moléculas del aminoácido, de ellas 10.000.000 estarán con su grupo carboxilo ionizado en forma de carboxilato. así, podemos calcular la carga aportada por dicho aminoácido a través de su grupo carboxilato.
    10.000.001 moleculas _____ 1 carga negativa
    10.000.000 moleculas _____ x = 0,99999 carga negativa

    lo mismo hacemos para su grupo amino. para ello, planteamos:
    9 = 10 + log [NH2]/[NH3+]
    -1 = log [NH2]/[NH3+]
    10^-1 = [NH2]/[NH3]

    así entonces, de cada 11 moléculas que haya, sólo 1 presentará su grupo amino protonado. por lo tanto, calculamos su aporte a la carga neta:

    11 moleculas ____ 1 carga positiva
    1 moleculas ___ x = 0,0909 carga positiva

    ahora, la carga neta de la molécula será:
    q = cargas negativas + cargas positivas
    q = -0,99999 + 0,0909
    q = -0,90909 aproximadamente.
    espero que se haya entendido la lógica de resolución del ejercicio.

  4. #4
    Manciano Principìante Avatar de nestoreasy
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    Citar Originalmente publicado por eze88 Ver post
    pera pera pera. que un aminoácido tenga movilidad electroforética 0 NO significa que NO corra en una corrida electroforética. ello dependerá de la presencia de flujo electroosmótico. en muchos materiales utilizados para este tipo de corridas, HAY flujo electroosmótico, por lo que dicho aminoácido a un pH= pI VA A CORRER sólo determinado por el flujo electroosmótico, pero NO por su propia movilidad frente a la acción de un campo eléctrico provisto por una fuente de poder.
    en lo que respecta a la ecuación de henderson-hasselback, se utiliza para determinar la relación de carga de cualquier especie cargada a un cierto pH. para ello, te vas en una serie de relaciones entre grupos funcionales ionizados y no ionizados. por ejemplo: si tu aminoácido tiene pI=6 y vos querés saber que carga neta tiene, hacés lo siguiente: 1° que nada tenés que saber los grupos funcionales IONIZABLES de la molécula. en este caso, vamos a suponer que tenemos glicina, por lo que tiene SÓLO un grupo amino y un grupo carboxilo(pKa COOH = 2, pKa NH2= 10). entonces, lo calculás así:
    pH = pKa + log[COO-]/[COOH]
    9 = 2 + log[COO-]/[COOH]
    7 = log[COO-]/[COOH]
    10^7 =[COO-]/[COOH]

    ello implica que si tenemos 10.000.001 moléculas del aminoácido, de ellas 10.000.000 estarán con su grupo carboxilo ionizado en forma de carboxilato. así, podemos calcular la carga aportada por dicho aminoácido a través de su grupo carboxilato.
    10.000.001 moleculas _____ 1 carga negativa
    10.000.000 moleculas _____ x = 0,99999 carga negativa

    lo mismo hacemos para su grupo amino. para ello, planteamos:
    9 = 10 + log [NH2]/[NH3+]
    -1 = log [NH2]/[NH3+]
    10^-1 = [NH2]/[NH3]

    así entonces, de cada 11 moléculas que haya, sólo 1 presentará su grupo amino protonado. por lo tanto, calculamos su aporte a la carga neta:

    11 moleculas ____ 1 carga positiva
    1 moleculas ___ x = 0,0909 carga positiva

    ahora, la carga neta de la molécula será:
    q = cargas negativas + cargas positivas
    q = -0,99999 + 0,0909
    q = -0,90909 aproximadamente.
    espero que se haya entendido la lógica de resolución del ejercicio.
    Hey Gracias, se me tildo Firefox, y cuando lo quise hacer con Opera se me mando sin terminar de redactarlo (queriendo hacer un dibujo de aa y sus equilibrios), en donde a pH muy bajos no se apreciaba el efecto EED del soporte utilizado en el TP (papel)...estaba x subir scaneado un ejemplo... pero ya ta, se aprecia mejor tu explicacion....

  5. #5
    Pre-manciano
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    Hola!
    y si el AA tiene un carboxilo como resto?

  6. #6
    Manciano Principìante Avatar de Olivia16
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    No entiendo cuando dice

    así entonces, de cada 11 moléculas que haya, sólo 1 presentará su grupo amino protonado. por lo tanto, calculamos su aporte a la carga neta:

    11 moleculas ____ 1 carga positiva
    1 moleculas ___ x = 0,0909 carga positiva

    Porque asume que son 11 moleculas.. si el resultado era 0.1 = [NH2]/[NH3]
    Olivia.
    "No temas ir despacio... Teme No avanzar..."
    [RIGHT][/RIGHT]

  7. #7
    Manciano Principìante Avatar de Gonx
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    Miren que dijeron que muy probablemente vayan a sacar ese tema de las evaluaciones porque nadie caza una. Es una mierda.

  8. #8
    Manciano Principìante Avatar de Olivia16
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    Citar Originalmente publicado por Gonx Ver post
    Miren que dijeron que muy probablemente vayan a sacar ese tema de las evaluaciones porque nadie caza una. Es una mierda.
    De verdad????!!! yo lo pregunté el viernes por un ejercicio y lo explicaron, aunque todavía no entendí bien como hacerlo
    ojala sea ciertoooooo porque me re cuesta entender... y no lo explicaron BIEN, sino muy por arriba...
    Olivia.
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    [RIGHT][/RIGHT]

  9. #9
    Manciano Principìante
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    calculo de carga neta y de pka incognita en un alfa aa

    Buenas!!!

    Necesito ayuda con un ejercicio de fisica que me esta volviendo loco! Se que por aca hay un par de chicos ayudantes de fisica (creo) y otros que estan cursando.


    Me dicen que tengo un aa alfa que tiene 2 grupos carboxilos y un grupo amino en su estructura molecular. Me dan el PI que es de 4,0, me dicen que el pka de uno de los carboxilos es de 3,0 y el pka del amino es de 9,0.

    Tengo que calcular la q neta a distintos pH: ponele a 10 y a 12-


    Me falta el pka de uno de los COOH, lo necesito para calcular la q neta o uso solo estos 2 pka que tengo como dato.

    Yo calcule con la formula de PI= sumatoria de Pka /2 y asi saque el otro pka del COOH.


    Pero despues nunca me da la q neta como me dice el resultado!!!


    ALGUIEN ME DA UNA MANO????

  10. #10
    Manciano Principìante
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    El PI es el promedio de los Pka no la sumatoria sobre dos. En tu caso particular seria, la sumatoria de los pka/3
    Por eso seguro no te daba. Suerte!

  11. #11
    Manciano Principìante
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    es el promedio de los 3 o solo de los dos carboxilos?

  12. #12
    Manciano graduado Avatar de Pablius
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    Citar Originalmente publicado por peterfarina Ver post
    Buenas!!!

    Necesito ayuda con un ejercicio de fisica que me esta volviendo loco! Se que por aca hay un par de chicos ayudantes de fisica (creo) y otros que estan cursando.


    Me dicen que tengo un aa alfa que tiene 2 grupos carboxilos y un grupo amino en su estructura molecular. Me dan el PI que es de 4,0, me dicen que el pka de uno de los carboxilos es de 3,0 y el pka del amino es de 9,0.

    Tengo que calcular la q neta a distintos pH: ponele a 10 y a 12-


    Me falta el pka de uno de los COOH, lo necesito para calcular la q neta o uso solo estos 2 pka que tengo como dato.

    Yo calcule con la formula de PI= sumatoria de Pka /2 y asi saque el otro pka del COOH.


    Pero despues nunca me da la q neta como me dice el resultado!!!


    ALGUIEN ME DA UNA MANO????

    Citar Originalmente publicado por florrii Ver post
    es el promedio de los 3 o solo de los dos carboxilos?
    Hola! La verdad no recuerdo como explicaban ese ejercicio en fisica(no lo habia entendido cuando la curse:P) pero en este ejercicio se ve claramente que el promedio de los 3 NO se usa para calcularlo, ya que si un pKa es 3, el otro 9 y el pI es 4, si se calculase el promedio de los 3, el pKa incognita deberia ser 0( (9+3+0)/3 =12) y que yo sepa no existe un resto tan acido.
    Voy a intentar explicar como me enseñaron a hacerlo en Qca. biologogica 1:

    El pI es el pH a la cual la carga neta del peptido es 0. Si vos tenes 2 restos acidos y un resto basico(el grupo amino) a un pH por debajo del pKa mas bajo (en este caso 3) la carga neta del peptido sera +1, porque los 2 acidos van a estar protonados(carga 0) y tmb el grupo amino(carga+1). Ahora planteamos que carga tendra el peptido con un pH q se encuentra x encima del pKa mas bajo(llamamos carboxilo1) pero x debajo del pKa que le sigue (carboxilo 2) (que al ser el icognita no lo sabemos, x eso no te doy un valor de pH pero asumimos que esta ahi en el medio)
    Entonces a este pH intermedio, se va a desprotonar bastante el carboxilo 1(aunq una fraccion seguira protonada) y va a empezar a desprtonarse el carboxilo 2. A este pH la carga neta del peptido sera 0 si asumimos que estamos a un pH en el cual la fraccion desprotonada del carboxilo 1 + fraccion desprotonada de carboxilo 2=1, por lo tanto entre los 2 dan carga neta de -1 y el grupo amino sigue protonado(carga+1): se compensan.
    El pH al que ocurre esto es el pI y ahora si podemos usarlo xa calcular el pKa incognita:
    (3+pKa2)/2= 4 => pKa2=5

    Ahora si, en teoria con el pH podrias calcular la carga neta( siempre q te den valores razonables de pH)

    Ponele, a pH 10 o 12, tenes los 2 carboxilos desprotonados y el grupo amino tmb, por lo tanto la carga neta sera -2

    Si te dan un pH 7, tenes los carboxilos desprotonados pero el grupo amingo cargado, por lo que la carga neta es -1

    Y si tenes un pH x debajo de 3, carga neta +1

    Espero que se haya entendido la explicacion, nose si explique de mas o noxD xq como puse arriba, nunca entendi bien este tema cuando curse fisica. Si no salen los ejercicios, ponelos aca de ultima

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