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Decodifican el genoma del virus del sida

Decodifican el genoma del virus del sida

  1. Avatar de Dr. Edú
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    #1

    Decodifican el genoma del virus del sida

    Les dejo esta noticia, que salio en el Clarin:

    Decodifican el genoma del virus del sida, avance clave para nuevas terapias


    Lo lograron científicos estadounidenses, que demostraron que lleva su información genética en estructuras más complejas que otros organismos. Afirman que permitiría desarrollar nuevos tratamientos.


    Investigadores estadounidenses lograron decodificar la estructura del genoma completo del virus del sida, lo que podría acelerar el desarrollo de nuevos medicamentos antivirales.

    La investigación fue realizada por expertos de la Universidad de Carolina del Norte (Estados Unidos) y se publica hoy en la revista Nature. Los científicos detallaron que el VIH-1, el principal causante del síndrome de inmunodeficiencia adquirida, lleva su información genética en estructuras más complejas que otros organismos. Al igual que los virus de la gripe, la hepatitits C o la polio, tiene su información genética almacenada en una molécula de ácido ribonucleico (ARN), mientras que el genoma de los mamíferos se inscribe sobre la doble hélice del ADN (ácido desoxirribonucleico). La información contenida en el ARN es más compleja.

    Los investigadores mostraron que la formación de proteínas está influenciada por elementos de la estructura interna del ARN. Esto sugiere que la estructura misma del ARN podría tener un papel, hasta ahora no reconocido, en la expresión del código genético.

    Fuentes del programa conjunto de las Naciones Unidas sobre el SIDA (ONUSIDA) destacaron este avance: "Todo descubrimiento científico que eche luz sobre cómo se estructura el virus del HIV es un paso importante. Cuanto más sepamos sobre el carácter del virus, más cerca estaremos de encontrar una cura y desarrollar nuevos tratamientos para combatir la infección".

    Link: Decodifican el genoma del virus del sida, avance clave para nuevas terapias

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    AlexTwain (10-Aug-2009), eze88 (13-Aug-2009), HarryT (14-Aug-2009), In Vitro (07-Aug-2009), Lu.. (18-Sep-2009)

  3. Médico Residente en Terapia Intensiva
    Avatar de Tincho
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    #2
    Pero, loco, no entendes nada. El SIDA no existe.[/irony mode]


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  4. Avatar de Ragamuffin
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    #3
    A todo esto hace poco no encontraron cepas distintas de HIV o algo así?

  5. Avatar de AlexTwain
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    #4
    Dentro de todo el problema y enigma que este virus ha generalizado es una buena noticia, aunque llevo oyendo esta clase de noticias ya hace varios años, pero uno no pierde las esperanzas de que en un futuro próximo por fin se tenga una vacuna definitiva para este virus.
    'Alive With The Glory Of Love'

  6. Avatar de ZeKKi
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    #5
    Citar Originalmente publicado por Tincho Ver post
    Pero, loco, no entendes nada. El SIDA no existe.[/irony mode]
    DECODIFICARON EL GENOMA DE LA INEXISTENCIA????
    Dios es inexistente
    Decodificaron el genoma de dios...
    Dios es VIH???
    El papa que es entonces... un forro???






    [tanto chiste para bardear al papa]
    See one, Do one, Teach one.
  7. Avatar de yAyI
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    #6
    es sabido q esto va a ayudar mucho en su tratamiento ..

    Alguien tiene acceso a la Nature ? estaria bueno si se pude conseguir el paper completo para leer ... , si alguien lo consigue lo sube ? gracias !
    ** yAyI ** -[ .. true perfection has to be imperfect .. ]
  8. Veterinario/a
    Avatar de helen_vet
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    #7
    no, yo no tengo acceso

    buen articulo =
  9. Avatar de krivich
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    #8
    Recién ahora lo decodificaron...? Ahora se entiende por qué hasta ahora ha habido tantos anuncios sobre que "encontraron la cura para el SIDA" pero no se haya progresado cardinalmente en la terapia. Bueno, ahora esperemos que por fin se avance en serio en ese tema, jej.
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    #9
    qe buena noticia , aunque todavia falta mucho
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    #10
    Citar Originalmente publicado por krivich Ver post
    Recién ahora lo decodificaron...? Ahora se entiende por qué hasta ahora ha habido tantos anuncios sobre que "encontraron la cura para el SIDA" pero no se haya progresado cardinalmente en la terapia. Bueno, ahora esperemos que por fin se avance en serio en ese tema, jej.
    Me quedé pensando lo mismo..:S ¿recién ahora lo decodificaron?
    Me pregunto qué dificultad extra habrá de tener decodificar el virus del sida.
    Quizá porque sea RNA...aunque igual me parece medio raro. Porque tiene retrotranscriptasas que lo termina convirtiendo en DNA...me voy a poner a buscar a ver si hay algo de info por la web.

    La nota la verdad que no dice mucho. Dice "el rna es más complejo" pero quién sabe a qué se estarán refiriendo exactamente.

    Despues dice que el virus es un organismo


    En un articulo de 1997 que esta en la web aparece algo (que no habla directamente de secuenciación)
    Pero teniendo esa información en el 97 es tan raro que recién en el 2009 se haya secuenciado.

    En fin, esperamos el nombre del articulo de Nature...
    Todo el mundo sabe que Clarin es muy mentiroso y no me sorprendería que sea una patraña para vender.

    Dado que el genoma del virus del SIDA tiene aproximadamente unos 9500 pares de bases, es importante identificar qué región de él puede ser apropiada para secuenciar, ya que seria muy engorroso determinar la secuencia de todo el genoma. En ciertas partes del genoma del HIV se constata suficiente variación como para poder distinguir las posibles fuentes de infección, pero también es muy importante evitar aquellas regiones del genoma que estén más sujetas a procesos evolutivos de selección y convergencia, ya que podrían confundir la identificación de la verdadera filogenia del virus. Algunos investigadores han enfocado su atención a un pequeño sector del genoma (de unos 300 pares de bases) de la región del gen llamado env, conocida como región V3, que contiene información para sintetizar una glicoproteína (proteína a la cual se asocian moléculas de azúcares) de la cubierta externa del virus. Otros estudios sugieren que el gen llamado pol y la región p17 del gen gag son mejores para este tipo de estudios, dado que no muestran tanta convergencia evolutiva como la región V3.
    El genoma del HIV puede ser estudiado a través del ARN de la partícula viral entera (virión) o a través del ADN integrado en el genoma (provirus) del organismo infectado. Esto es posible debido a que una vez que el virión entra en la célula del mamífero, el ARN en un proceso catalizado por una enzima llamada transcriptasa reversa (porque copia la secuencia del ARN al catalizar la síntesis de ADN, esta dirección es inversa a la habitual que va del ADN al ARN) se convierte en ADN que se integra en el genoma de las células que infectó. En los estudios citados en este artículo se analizó al provirus del HIV, es decir, el ADN viral integrado en el genoma de las personas infectadas. (Para más detalles sobre el HIV, véase "El virus de la inmunodeficiencia humana" en Ciencia Hoy 21: 40-43, 1992).
  12. Avatar de Ragamuffin
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    #11
    El paper es:
    Structural biology: Aerial view of the HIV genome

    Hashim M. Al-Hashimi

    No se si sera el siguiente, parece, pero Structural biology: Aerial view of the HIV genome

    Traduccion Ragamuffinesca Parte 1:

    Biologia Estructural: Vista "Aerea" del genoma del HIV.

    "Los biologos estructurales ahora pueden usar este mapa genomico para investigar meticulosamente porciones del genoma de HIV-1 asi determinar principios funcionales y arquitectonicos a nivel atomico"

    Hashim M. Al-Hashimi1

    Nature 460, 696-698 (6 Agosto 2009)

    Una vista de halcon de la estructura mas compleja de todo el genoma de ARN del HIV-1 revela nuevas recurrencias en lugares inesperados. Los biologos estructurales ahora pueden profundizar sus estudios en estas regiones para explorar mejor sus funciones.

    El genoma de virus de ARN, como el virus del HIV, se pliega para formar estructuras de mayor orden con prolongaciones y giros que contienen recurrencias estructurales que dirigen varias etapas de la replicacion viral. Los biologos suelen "cortar" estas porciones y las magnifican para determinar su estructura tridimensional en un intento para enriquecer la comprension de su funcion.
    En la pagina 711 de este articulo, sin embargo, Watts y alumnos hacen un zoom out y muestran una vista "de halcon" de la estructura secundaria del genoma entero del HIV-1. Usando una tecnica innovadora ellos identifican recurrencias funcionales de ARN en regiones no esperadas y definen principios que gobiernan la organizacion y estructura del HIV-1.

    Micrografia de transmision de electrones de un corte a traves del HIV. El virus esta rodeado por una capa externa (rojo) y el ARN esta encapsulado en una proteina nuclear interna (rosa).



    Los metodos generalmente utilizados para obtener imagenes con resolucion atomica de biomoleculas - resonancia magnetica nuclear, espectroscopia y cristalografia de rayos X- poseen limitaciones que evitan el analisis de la estructura de genomas de ARN completos. Ambas tecnicas dependen en la medicion de interacciones entre luz y materia. En la espectroscopia de resonancia magnetica, una solucion que contiene el ARN a estudiar se introduce en un camp magnetico y se usan radiofrecuencias para excitar señales desde los nucleos individuales. A medida que el tamaño del ARN estudiado aumenta, las señales se vuelven mas debiles y mas congestionadas, limitando determinaciones estructurales del ARN que mide cientos de nucleotidos.

    La cristalografia de rayos X mide la difraccion de rayos X cuando impactan contra cristales conteniendo arreglos ordenados de ARN. PEse a que la tecnica no sufre limitaciones por el tamaño, obtener cristales organizados para diversas y flexibles estructuras de ARN es una tarea tediosa. La determinacion a alta resolucion de estructuras tambien es un proceso que lleva mucho tiempo, y como tal, es solo utilizado con aquellas recurrencias de codigo privilegiadas que han sido calificadas como funcionalmente importantes. Consecuentemente, mas del 80% del genoma del HIV-1 se encuentra estructuralmente sin caracterizar.

    Usando una tecnica llamada SHAPE(selective 2'-hydroxil acylation analysed by primer extension) Watts y alumnos proveen una vision a la estructura genica completa del HIV-1. Las imagenes producidas son de menor resolucion que aquellas obtenidas por los metodos anteriormente citados, pero cubren un area mucho mayor del genoma. La tecnica es entonces afin a hacer zoom out en un mapa y obtener una mayor cobertura del mismo sacrificando detalles finos.

    Figura 2: El genoma del ARN de HIV-1 cobra forma.

    La estructura secundaria de una seccion de ARN de HIV-1 determinada por Watts y alumnos, usando la tecnica SHAPE. Los nucleotidos se representan como puntos coloreados, con los colores representando la reaccion a SHAPE, que refleja la flexibilidad de los nucleotidos y las bases pareadas. Los autores muestran que el genoma posee recurrencias estructuradas en porciones reguladoras y de codificacion de proteinas. El ARN estructurado en prociones que codifican puede tener un rol en la traduccion de las proteinas y en asegurar su correcto plegamiento. EL analisis entero del genoma se muestra en la siguiente figura.



    El SHAPE aprovecha el hecho de que los plegamientos y las torsiones de las moleculas de ARN son estabilizadas por los nucleotidos formando pares de bases. LA tecnica depende en la interaccion del ARN y reactivos quimicos que funcionan selectivamente, irregularmente, con nucleotidos flexibles (no apareados), y que por lo tanto modifican sus estructuras quimicas. LA enzima transcriptasa inversa es luego usada para hacer copias lineares de ADN a partir del ARN, que terminan cuando la enzima encuentra un sitio quimicamente modificado. Al comparar el largo y la cantidad de copias de ADN producidas a partir del ARN que fue expuesto a reactivos quimicos con ARN que no fue expuesto, la reactividad absoluta y por lo tanto su flexibilidad, de nucleotidos individuales puede ser determinada.
    Regiones con baja reactividad y flexibilidad corresponden a segmentos de ARN con estructura secundaria y elevada cantidad de bases apareadas, mientras que las regiones con reactividad elevada y flexibilidad, corresponden a bases no apareadas.

  13. Los siguientes usuarios agradecen a Ragamuffin por haber posteado información muy útil:

    mamagra (18-Sep-2009)

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    #12
    Parte 2:

    El SHAPE aprovecha el hecho de que los plegamientos y las torsiones de las moleculas de ARN son estabilizadas por los nucleotidos formando pares de bases. LA tecnica depende en la interaccion del ARN y reactivos quimicos que funcionan selectivamente, irregularmente, con nucleotidos flexibles (no apareados), y que por lo tanto modifican sus estructuras quimicas. LA enzima transcriptasa inversa es luego usada para hacer copias lineares de ADN a partir del ARN, que terminan cuando la enzima encuentra un sitio quimicamente modificado. Al comparar el largo y la cantidad de copias de ADN producidas a partir del ARN que fue expuesto a reactivos quimicos con ARN que no fue expuesto, la reactividad absoluta y por lo tanto su flexibilidad, de nucleotidos individuales puede ser determinada.
    Regiones con baja reactividad y flexibilidad corresponden a segmentos de ARN con estructura secundaria y elevada cantidad de bases apareadas, mientras que las regiones con reactividad elevada y flexibilidad, corresponden a bases no apareadas.


    Aunque hay muchas, y bien establecidas, tecnicas enzimaticas y quimicas para determinar la estructura secundaria del ARN2, muchos de los reactivos usados solo reaccionan con un tipo de nucleotidos (por ejemplo, guanina y citosina versus adenina y uracilo) y su reactividad puede depender tanto de la estructura secundara como de la actividad intrinseca de los nucleotidos. Los reactivos unicos y la quimica utilizados por SHAPE pueden ayudar a sobrepasar mucha de estas limitaciones, y su automatizacion permite un estudio abarcativo de estructuras muy grandes de ARN. Con solo poner la informacion recopilada por SHAPE en un algoritmo que calcula la etabilidad termodinamica, y por lo tanto el estado de plegamiento de RNA3, 4, Watts y alumnos proponen un modelo de la estructura secundaria del genoma HIV-1 que contiene una sorprendente cantidad de 9,173 nucleotidos.

    Las regiones estructuradas del HIV-1 estan concentradas en aproximadamente 21 dominios grandes. La mayoria de las recurrencias estructuradas en el codigo que han sido caracterizadas hasta ahora residen en regiones no traducidas (que no codifican proteinas) cercanas a los extremos del genoma viral, que regula la replicacion y el empaquetamiento de particulas virales. Watts y colegas detectan estos previamente caracterizados sectores recurrentes, a veces como componentes de porciones recurrentes mayores, pero tambien detectan elementos estructurados de ARN en regiones que si codifican proteinas.

    Muchas proteinas del HIV-1 son traducidas en precursores poliproteicos por los ribosomas a medida que el ARN pasa por ellos. Las proteinas se unen como perlas en un hilo por peptidos de union: estos son luego usados para liberar proteinas individuales. Tambien hay peptidos de union no estructurados entre los dominios que hacen las proteinas individuales de HIV. Extrañamente, muchos de los elementos recientemente identificados estan localizados en regiones que codifican para estos peptidos flexibles. Los autores proponen que los ARN estructurados disminuyen la velocidad de traduccion de proteinas por que estas regiones deben ser desplegadas antes de ingresar al ribosoma. Dado que las proteinas del HIV podrian ser plegadas durante la traduccion, un proceso referido como plegamiento proteico co-translacional- esta pausa ribosomal puede proveer tiempo adicional para que las proteinas adopten sus estructuras tridimensionales.

    La fascinante relacion entre ARN y la estructura proteica no es sin precedente. LA correlacion entre la estructura secundaria del ARN mensajero y la traduccion proteica fue reconocida hace tres decadas, y hay diversos estudios que demuestran que el ARNm y su estructura secundaria pueden promover pausas en el ribosoma y modular otros aspectos de la traduccion y el plegamiento. Watts y asociados identifican varios "sitios de pausa" que parecen obtener tiempo en momentos estrategicos. Por ejemplo, deshacer la helice de ARN puede ayudar a la union del peptido de reconocimiento de señal a la cadena de elongacion peptidica. Este peptido-ARN guia al complejo peptido-ribosoma al reticulo endoplasmatico para mayor procesamiento. Las pausas ribosomales tambien podrian dar tiempo para el frameshifting - el ribosoma saltea nucleotidos sin transcribirlos, cambiando el "frame" o marco - y asi permitiendo la traduccion de proteinas alternativas del mismo ARN.

    Por otra parte, regiones altamente desestructuradas se observan en regiones hipervariables del genoma de HIV-1, que tienen importantes roles en la evasion viral al huesped. Estas regiones sin estructura estan rodeadas y conservadas por estructuras estables de ARN que pueden colaborar a prevenr su interaccion con las regiones menos variables aledañas.

    Cuando lo fue posible, Watts y asociados interpretaron los detalles del modelo SHAPE en relacion con otra data estructural y bioquimica, e informacion sobre la conservacion evolutiva de los posibles apareamientos de regiones de nucleotidos. Hay sin embargo potenciales fuentes de error, particularmente para una estructura de ARN de este tamaño. Muchas regiones probablemente no existan como una estructura secundaria sola, pero si alternando entre diferentes conformaciones. El algoritmo dirigido de plegamiento de SHAPE falla a la hora de reconocer algunas estructuras de ARN como pseudonudos, o pares de bases que se forman solo como parte de interacciones terciarias de mayor orden. Estructuras de ARN atipicas tambien podrian interferir con el analisis de SHAPE.

    No ignorando estas limitaciones, el estudio realizado por Watts y alumnos es un logro considerable, mostrando la utilidad de obtener vistas "aereas" de estructuras genomicas grandes que revelan su arquitectura y posibles funciones. Los biologos estructurales ahora pueden usar este mapa genomico para investigar meticulosamente porciones del genoma de HIV-1 asi determinar principios funcionales y arquitectonicos a nivel atomico. Unir los datos de las escalas obtenidas y lograr peliculas del genoma en funcionamiento van a ser los retos del futuro. Pero por ahora, pareciera que la cruzada en pos de imagenes de alta resolucion del genoma entero del HIV-1 ha comenzado provechosamente.

    Fuente: Structural biology: Aerial view of the HIV genome

  15. Los siguientes usuarios agradecen a Ragamuffin por haber posteado información muy útil:

    mamagra (18-Sep-2009)

  16. Avatar de Ragamuffin
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    #13
    En resumen, y para todos los que se esperanzan, basicamente se logro una forma de sacar una foto mas abarcativa del ARN del HIV... Aun se esta viendo como catso se usan para algo esas fotos... y como bien dice, el algoritmo que estudia las posibles bases no es terriblemente efectivo yyyyyyyy la imagen lograda sacrifica muchos detalles pequeños... Esta bueno que ya vayan pensando en estudiar al virus "en vivo" generando material con movimiento pa ver como funca el bicho

    Tambien, y corriJame alguien, no se tiene el genoma, se sabe cuantos nucleotidos hay pero no se terminan de identificar por las limitaciones de la tecnica... "tener" el genoma decodificado no implicaria que se tenga un mapa bien detallado? (al contrario de lo que dice el articulo...?)

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    #14
    Pero, no que el VIH muta?
    entonces, se puede encontrar un genoma, pero al pasar de persona a persona el maldito bicho cambio :S

  18. Avatar de Ragamuffin
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    #15
    Donde dice que el VIH muta? Se rumoreaba habia dos o tres cepas, pero que mute de persona a persona?? demasiado rapido, demasiado improbable, y definitivamente ya habria alguna mutacion demasiado imparable que hubiese hecho verga a todos.

  19. Avatar de pablo_93
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    #16
    "El virus del sida muta de forma diferente en función de la genética predominante en cada zona del planeta" es lo que lei en Consumer Eroski (?)
    "No somos arrogantes, simplemente creemos que somos la mejor banda del mundo".
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    #17
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  21. Médico (no especialista)
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    Citar Originalmente publicado por Gabriel4 Ver post
    Por lo que entiendo el virus del sida muta según las caracteristicas geneticas de cada poblacion, si mutara de persona a persona seria un desastre e imposible encontrar una cura.
    Justamente! Según leí, la transcriptasa reversa (la enzima que sintetiza ADN a partir del ARN viral) no tiene el mecanismo de proof-reading, entonces con cada ciclo de replicación se introducen errores que no pueden ser reparados, y por eso hay alta tasa de mutaciones, y variabilidad (serían distintos genotipos pero del mismo tipo de virus...). Esa es una de las complicaciones (sino la principal) para encontrar una vacuna y una mejor terapia antirretroviral, porque al mutar el virus también se va generando resistencia a los fármacos (algo así). Seguramente la mutación también le sirva para evadir la respuesta inmune por los CD8 citotóxicos, mientras que sigue cagando los CD4...
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    #19
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  23. Avatar de Ragamuffin
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    #20
    Ya lo encontraron Gabriel, te caga el sistema inmune.

    En algun lado lei sobre el FIV feline immunodeficency virus. Quizas seria interesante que estudiaran eso tambien para ver si encuentran similitudes con el HIV

  24. 291
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    #21
    Mmmm tienen razon :B

    igual quiero compartir un paper q me hcieron leer el semestre pasado
    de investigacion y ciencia
    donde sale el xq no hay cura aun

    y, entre nos, dudo q haya una cura :/
    es bien inteligente este bicho como para invadir tan rapido

    asi q lean esos papers, uno esta en ingles y el otro esta en español (fotocopiado)

    Ahi lo comentamos :P
    Vistas en miniatura Decodifican el genoma del virus del sida-seminario-7-vaccine-search-goes-.pdf   Decodifican el genoma del virus del sida-seminario-7-sigue-busca-vacuna.pdf  

  25. Médico (no especialista)
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    #22
    Citar Originalmente publicado por Ragamuffin Ver post
    Ya lo encontraron Gabriel, te caga el sistema inmune.

    En algun lado lei sobre el FIV feline immunodeficency virus. Quizas seria interesante que estudiaran eso tambien para ver si encuentran similitudes con el HIV
    Es que ya se estudió... los virus de la inmunodeficiencia equina, de los simios y felinos justamente se agrupan en una miasma "familia" (LENTIVIRUS) porque comparten muchas características de sus genomas, patogenia, progresión, etc...

    EDIT: No es el virus de la inmunodeficiencia equina, es bovino...
  26. Los siguientes usuarios agradecen a mamagra por haber posteado información muy útil:

    Ragamuffin (18-Sep-2009)

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    #23
    .....
  28. Avatar de Ragamuffin
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    #24
    Gabriel, deciles a esos cientificos y a esa gente con sida que se cojan a una persona hiperinfectada de HIV durante un año seguido sin proteccion, y que despues vuelvan con su esposa/novia/pareja a ver si siguen manteniendo la hipotesis.
    Si es asi, son unos imbeciles y merecen ir en cana.

    (Supongo que sabes de sobra como estudiante de medicina que el HIV SI CAUSA SIDA, no es con vos personalmente, me sulfura el epididimo la gente que desinforma)

  29. Médico (no especialista)
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    #25
    Citar Originalmente publicado por Gabriel4 Ver post
    Que increible, y todavia hay gente y cientificos que creen que el virus no existe, por falta de pruebas..
    Citar Originalmente publicado por Gabriel4 Ver post
    Si, ya se. El tema es que lei unos articulos sobre unos cientificos y hasta de gente con sida, que decia que no habia pruebas suficientes, que el hiv no causa sida y que la enfermedad era confundida por los medicos por otras enfermedades que causan lo mismo en el organismo o algo asi.
    Entonces el tiempo que perdí en leer, y el esfuerzo por memorizar todas los genes y moléculas del virus (env, gag, pol, gp41, gp120, APOBEC3G, env, vif, nef, y puedo seguir por unos cuantos renglones más) fue en vano? . Bah, me hubieses avisado antes!!! .

    Citar Originalmente publicado por Ragamuffin Ver post
    Supongo que sabes de sobra como estudiante de medicina que el HIV SI CAUSA SIDA, no es con vos personalmente
    Si, igual pobre pibe lo estamos matando y dice que lo leyó ja...

    Citar Originalmente publicado por Ragamuffin Ver post
    me sulfura el epididimo la gente que desinforma
    Jajajaja! A mi "me hiper-relaja el cremaster"...
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    Lean los paper q les subi pos ¬¬

  32. Avatar de _Maru_
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    Buen post

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