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preg a desarrollar de graficos de enzimas, velocidad,etc

preg a desarrollar de graficos de enzimas, velocidad,etc

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    #1

    preg a desarrollar de graficos de enzimas, velocidad,etc

    hola chicos!!!!! espero que puedan ayudarme con estos graficos porque no tengo mucha idea de como hacerlos y me re cuestan... estas son preguntas a desarrollar tomadas en un recuperatorio de bioquimica de 1º parcial del año pasado.
    gracias!!!!!!!

    saludos!!!

    1. La insulina reprime la expresión de la enzima fosfoenol piruvato quinasa hepática
    a) Graficar en un mismo gráfico por el método lineal la actividad de esta enzima en hígados de animales tratados con insulina y en hígados de animales controles

    2. Dada la siguiente reacción, donde la V1=k1.[A].[B], V2=k2.[X].[Z] y la concentración inicial de A y B es 1M
    A + B ←←→→ X + Z
    a) Graficar la variación de la concentración de Z en función del tiempo y la variación de V1 y V2 con el tiempo
    b) Suponiendo que se alcanza un estado de equilibrio cuando se convierte en 40% del reactivo A, calcular la constante de equilibrio para esta reacción

    3. Para una enzima q cumple con la ecuación de michaelis menten y cataliza la conversión de un sustrato (s) en un producto (p):
    a) grafique (en un mismo grafico) la aparicion de p en funcion del tiempo para 2 preparaciones con igual concentración de s (no saturable para ambas preparaciones) y una concentración A de enzima que sea 5 veces mayor a una concentración B de la misma enzima
    b) Grafique la velocidad de reaccion en funcion del tiempo para la concentración A de enzima
  2. Avatar de Krasel86
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    #2

    Cambiar gráfico!!!

    Citar Originalmente publicado por * Star * Ver post
    hola chicos!!!!! espero que puedan ayudarme con estos graficos porque no tengo mucha idea de como hacerlos y me re cuestan... estas son preguntas a desarrollar tomadas en un recuperatorio de bioquimica de 1º parcial del año pasado.
    gracias!!!!!!!

    saludos!!!

    1. La insulina reprime la expresión de la enzima fosfoenol piruvato quinasa hepática
    a) Graficar en un mismo gráfico por el método lineal la actividad de esta enzima en hígados de animales tratados con insulina y en hígados de animales controles

    2. Dada la siguiente reacción, donde la V1=k1.[A].[B], V2=k2.[X].[Z] y la concentración inicial de A y B es 1M
    A + B ←←→→ X + Z
    a) Graficar la variación de la concentración de Z en función del tiempo y la variación de V1 y V2 con el tiempo
    b) Suponiendo que se alcanza un estado de equilibrio cuando se convierte en 40% del reactivo A, calcular la constante de equilibrio para esta reacción

    3. Para una enzima q cumple con la ecuación de michaelis menten y cataliza la conversión de un sustrato (s) en un producto (p):
    a) grafique (en un mismo grafico) la aparicion de p en funcion del tiempo para 2 preparaciones con igual concentración de s (no saturable para ambas preparaciones) y una concentración A de enzima que sea 5 veces mayor a una concentración B de la misma enzima
    b) Grafique la velocidad de reaccion en funcion del tiempo para la concentración A de enzima

    1) No entiendo bien el enunciado... qué quiere decir que reprime la actividad? La disminuye, la anula? Actúa como inhibidor? Si es así, es competitivo, no competitivo...

    2)b)
    Yo lo haría así:
    Si se consume 40% de A en el equilibrio, y las concentraciones de A y B iniciales son 1M:

    A + B <---> X + Z
    i) 1 1 0 0
    f) 1-0,4 1-0,4 0,4 0,4

    Keq = [X] x [Z] / [A] x [B]

    Keq = 0,4 x 0,4 / 0,6 x 0,6

    Keq = 0,44

    Los gráficos están adjuntados.

    Si alguien ve alguna burrada, corrija por favor. Y si ese alguien o algún otro puede contestar el punto 1, mejor aún.

    Salu2!
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    * Star * (30-May-2009), Car221188 (31-May-2009), Dra. Kashmir (31-May-2009), Lafran (30-May-2009), nowak (31-May-2009)

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    #3
    Krasel86, coincido con tus rtas para la 2 y la 3. El grafico de velocidad en funcion del tiempo nunca lo vi en ningun lado y siempre me preguntaba si era correcto dibujarlo así. Tenés alguna confirmación de este grafico?

    Respecto de la 1 me parece que cuando dice inhibe la expresión está hablando del control génico de la enzima, o sea que sería cuestión de hacer un gráfico donde una curva llegue a la Vmax más rápido (xq al aumentar la cantidad de enzima disponible d[R->P]/dTiempo aumenta porque disminuye el tiempo.
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    #4
    V(t) lo hicimos en clase...
    Con respecto al punto 1, me pide que use el método lineal, asumo que es el gráfico de dobles recíprocas. Al haber menos enzima, le cambio la Vmax pero no el Km, verdad?...
    Me confunde esa pregunta, nunca lo hice así.

    Salu2!
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  8. Médico (no especialista)
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    #5
    claro para mi esa podria ser una opcion! yo lo haria asi...antes q nada jeje
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    #6
    Chicos! yo tengo una preg de ese mismo ejercicio... creo que no la puedo sacar de tan facil que es!! ahi vea..

    c)Describa detalladamente como se obtiene experimentalmente los valores que se utilizan para la construccion el gráfico de Lineweaver Burk y que iformación se puede obtener a partir del mismo..

    En un principio yo pensaba exlicar que la ecuacion de Lineweaver Burk se desprende de la iversa de la ecuacion de Michaelis Menten de manera que quede expresada de una recta y que del mismo se puede obtener el valor de 1/Vmax y 1/Km.. es asi? o nada que ver?? ayudaaaaaaa!!!
    Romina.-
  10. Avatar de Krasel86
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    #7
    Citar Originalmente publicado por Romiiii Ver post
    Chicos! yo tengo una preg de ese mismo ejercicio... creo que no la puedo sacar de tan facil que es!! ahi vea..

    c)Describa detalladamente como se obtiene experimentalmente los valores que se utilizan para la construccion el gráfico de Lineweaver Burk y que iformación se puede obtener a partir del mismo..

    En un principio yo pensaba exlicar que la ecuacion de Lineweaver Burk se desprende de la iversa de la ecuacion de Michaelis Menten de manera que quede expresada de una recta y que del mismo se puede obtener el valor de 1/Vmax y 1/Km.. es asi? o nada que ver?? ayudaaaaaaa!!!
    Yo lo que haría es describir el experimento que hicimos en el TP. Los valores que usamos son Vi y [S], obviamente como 1/Vi y 1/[S]. Con el gráfico de L-B podemos saber los parámetros cinéticos de una enzima, o sea, el Km y la Vmax.

    Salu2!
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  12. Médico (no especialista)
    Avatar de Dra. Kashmir
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    #8
    Citar Originalmente publicado por Romiiii Ver post
    Chicos! yo tengo una preg de ese mismo ejercicio... creo que no la puedo sacar de tan facil que es!! ahi vea..

    c)Describa detalladamente como se obtiene experimentalmente los valores que se utilizan para la construccion el gráfico de Lineweaver Burk y que iformación se puede obtener a partir del mismo..

    En un principio yo pensaba exlicar que la ecuacion de Lineweaver Burk se desprende de la iversa de la ecuacion de Michaelis Menten de manera que quede expresada de una recta y que del mismo se puede obtener el valor de 1/Vmax y 1/Km.. es asi? o nada que ver?? ayudaaaaaaa!!!
    exacto eso se refiere a q explikemos lo del tp q esa es la forma de obtener los rdos experimentalmente!
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    Romiiii (30-May-2009)

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    #9
    Mil gracias! pero... tengo otra duda! jajaja
    Entonces la respuesta seria algo asi... Mediante el estudio de la actividad de enzimas, con una concentracion de enzima cte, una temperatura y pH óptimos, evalúo la aparición de producto en funcion del tiempo, hallando la velocidad inicial para una cierta cocentracion de sustrato.. Luego repito la operación una y otra vez incrementando en cada ocación la concentracion de sustrato hasta observar que por más que siga aumentando la [S] la velocidad no varía más.. Con esos datos realizo el grafico de Vo en función de las diferentes [S] Lo que sería Michaelis menten.. y ahi no se como relacionar con 1/Vi y 1/[s] de Lineweaver Burk
    buuuaaaaa
    Romina.-
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    #10
    ahh y otra cosa!! qué quiere decir que reacción es de "orden 1" respecto de cada uno de los reactivos¿?
    Romina.-
  17. Estudiante de Medicina
    Avatar de Lafran
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    #11
    Citar Originalmente publicado por Dickinson Ver post
    Respecto de la 1 me parece que cuando dice inhibe la expresión está hablando del control génico de la enzima, o sea que sería cuestión de hacer un gráfico donde una curva llegue a la Vmax más rápido (xq al aumentar la cantidad de enzima disponible d[R->P]/dTiempo aumenta porque disminuye el tiempo.
    Se, sino se expresa es lo mismo que meterle un inhibidor no competitivo que al fin y al cabo da como efecto "menos concentración de enzima" (real en este caso, virtual en el caso del inhibidor). Así que baja Vmax y se mantiene Km.
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  19. Avatar de Krasel86
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    #12
    Citar Originalmente publicado por Romiiii Ver post
    Mil gracias! pero... tengo otra duda! jajaja
    Entonces la respuesta seria algo asi... Mediante el estudio de la actividad de enzimas, con una concentracion de enzima cte, una temperatura y pH óptimos, evalúo la aparición de producto en funcion del tiempo, hallando la velocidad inicial para una cierta cocentracion de sustrato.. Luego repito la operación una y otra vez incrementando en cada ocación la concentracion de sustrato hasta observar que por más que siga aumentando la [S] la velocidad no varía más.. Con esos datos realizo el grafico de Vo en función de las diferentes [S] Lo que sería Michaelis menten.. y ahi no se como relacionar con 1/Vi y 1/[s] de Lineweaver Burk
    buuuaaaaa
    L-B es la linearización del gráfico de M-M. Se usa porque experimentalmente es muy difícil lograr el típico gráfico hiperbólico que da la ecuación de M-M, por cuestiones técnicas. Dando vuelta la ecuación de M-M, nos queda la expresión de una función lineal (y = mx + b). A esto se le llama gráfico de dobles recíprocas, o de L-B.
    L-B nos permite, con sólo dos series de tubos de ensayos con distinta concentración de sustrato, obtener el gráfico (ya que para dibujar una recta sólo necesito 2 puntos). Si hubiéramos hecho el experimento en sólo 2 mesadas, podríamos calcular ya L-B.

    En una mesada, luego de incubar 5 tubos de ensayo con igual [S] y [E], a distinto tiempo, puedo hacer un gráfico de Producto en función del Tiempo. Con ese gráfico saco Vi para esa concentración de sustrato y de enzima (deltaP / deltaT, siempre que se relacionen linealmente, o sea en tiempo de Vi).

    En otra mesada, hago lo mismo, con otra [S]. Obtengo otro valor de Vi.

    Así, obtengo dos valores de Vi, con 2 valores distintos de S. Si quisiera hacer el gráfico de Vi en función de [S], o sea, el de M-M, debería calcular muchos más valores de Vi a distintas [S].
    Usando los dos valores que obtuve, puedo, en cambio, graficar 1/V en función de 1/S. El gráfico es una recta, y con ella calculo el Km (la intersección de la recta con el eje X es igual a -1/Km) y la Vmax (la intersección de la recta con el eje Y es igual a 1/Vmax).

    Salu2!
  20. Los siguiente/s 2 mancianos agradecen a Krasel86 por este mensaje de gran utilidad:

    * Star * (30-May-2009), Romiiii (31-May-2009)

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    #13
    Citar Originalmente publicado por Krasel86 Ver post
    L-B es la linearización del gráfico de M-M. Se usa porque experimentalmente es muy difícil lograr el típico gráfico hiperbólico que da la ecuación de M-M, por cuestiones técnicas. Dando vuelta la ecuación de M-M, nos queda la expresión de una función lineal (y = mx + b). A esto se le llama gráfico de dobles recíprocas, o de L-B.
    L-B nos permite, con sólo dos series de tubos de ensayos con distinta concentración de sustrato, obtener el gráfico (ya que para dibujar una recta sólo necesito 2 puntos). Si hubiéramos hecho el experimento en sólo 2 mesadas, podríamos calcular ya L-B.

    En una mesada, luego de incubar 5 tubos de ensayo con igual [S] y [E], a distinto tiempo, puedo hacer un gráfico de Producto en función del Tiempo. Con ese gráfico saco Vi para esa concentración de sustrato y de enzima (deltaP / deltaT, siempre que se relacionen linealmente, o sea en tiempo de Vi).

    En otra mesada, hago lo mismo, con otra [S]. Obtengo otro valor de Vi.

    Así, obtengo dos valores de Vi, con 2 valores distintos de S. Si quisiera hacer el gráfico de Vi en función de [S], o sea, el de M-M, debería calcular muchos más valores de Vi a distintas [S].
    Usando los dos valores que obtuve, puedo, en cambio, graficar 1/V en función de 1/S. El gráfico es una recta, y con ella calculo el Km (la intersección de la recta con el eje X es igual a -1/Km) y la Vmax (la intersección de la recta con el eje Y es igual a 1/Vmax).

    Salu2!
    Igual en la respuesta del parcial yo pondría que necesito hacerlo CON POR LO MENOS 2 [S] diferente, pero no pondría necesariamente con 2 porque quizás lo malinterpretan como un error conceptual. Lo cierto es que como es experimental y hay una serie de errores que pueden ocurrir, la linea de regresión entre 2 puntos es mucho menos fidedigna de la línea teórica que si tomo más puntos y trazo la recta. Se entiende?
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    * Star * (30-May-2009)

  23. Avatar de Krasel86
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    #14
    Sí, es verdad. Es importante esa aclaración, POR LO MENOS 2 [S] diferentes. Igualmente, yo creo que lo que quieren que rescatemos es que, experimentalmente, hay que sacar los parámetros cinéticos con L-B y no con M-M.
    Salu2!
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    #15
    chicos!!!!!!! gracias por responder!!! me aclararon un monton de dudas...
    pero este ejercicio nadie lo comento... es medio confuso el enunciado... tengo una idea general de como hacer el grafico que no se si esta bien: habria que hacer el grafico de SUSTRATO TRANSFORMADO, ES DECIR, PRODUCTO, EN FUNCION DE LA CONCENTRACION DE ENZIMA (QUE ES UN GRAFICO LINEAL)... pero no sé si estara bien pensado asi???

    3. Para una enzima q cumple con la ecuación de michaelis menten y cataliza la conversión de un sustrato (s) en un producto (p):
    a) grafique (en un mismo grafico) la aparicion de p en funcion del tiempo para 2 preparaciones con igual concentración de s (no saturable para ambas preparaciones) y una concentración A de enzima que sea 5 veces mayor a una concentración B de la misma enzima


    graciasssssss a todos!!! krasel86 sos un capoo!!! te felicitooo!!!

    besosssssss
  25. Estudiante de Medicina
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    #16
    si hay mas encima pero la misma cantidad de sustrato lo que va a variar es la velocidad de la reaccion(que va a aumentar), pero la cantidad de producto final para ambas reacciones va a ser la misma.
  26. Avatar de feifw
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    #17
    Tiene razón decler, o sea, un gráfico que hicieron ahí era producto en función del tiempo, y la variación de enzima no modifica la cantidad de producto final.

    El gráfico muestra que si hay 5 veces más enzimas va a haber mas producto (?) y si hay menos, menos producto...
    como dijo decler la velocidad es diferente, producto final igual.
    "A gamer doesn't die,.... he has many continues"
  27. Avatar de Krasel86
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    #18
    Citar Originalmente publicado por feifw Ver post
    Tiene razón decler, o sea, un gráfico que hicieron ahí era producto en función del tiempo, y la variación de enzima no modifica la cantidad de producto final.

    El gráfico muestra que si hay 5 veces más enzimas va a haber mas producto (?) y si hay menos, menos producto...
    como dijo decler la velocidad es diferente, producto final igual.
    Tienen razón che!!
    Me equivoqué... Ya corregí el gráfico. Acá pongo el gráfico corregido, por las dudas.

    Gracias!!
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    Romiiii (20-Oct-2009)

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    #19
    Buenísimo. En el gráfico de v(t), se dibuja una meseta que coincide con la primera parte lineal del gráfico de [S](t)? Cuando éste deja de ser líneal la meseta de v(t) empieza a bajar hacia cero (que tiene que coincidir con cuando v(t) se hace vMax). Esto es así?

    Gracias!
  30. Avatar de Krasel86
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    #20
    Citar Originalmente publicado por Dickinson Ver post
    Buenísimo. En el gráfico de v(t), se dibuja una meseta que coincide con la primera parte lineal del gráfico de [S](t)? Cuando éste deja de ser líneal la meseta de v(t) empieza a bajar hacia cero (que tiene que coincidir con cuando v(t) se hace vMax). Esto es así?

    Gracias!
    En V(t) la meseta del principio indica que la V es constante y máxima. Cuando se va hasta el 0 es porque, o se llegó al equilibrio, o se acabó el sustrato. Coincide con la meseta del gráfico P(t), que indica que la cantidad de producto permanece constante, cosa que puede ocurrir por los mismos motivos.

    Yo lo entiendo así...
    Salu2!
  31. Estudiante de Medicina
    Avatar de MeLiii*
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    #21
    Citar Originalmente publicado por Krasel86 Ver post
    Tienen razón che!!
    Me equivoqué... Ya corregí el gráfico. Acá pongo el gráfico corregido, por las dudas.

    Gracias!!

    Por lo tanto la explicacion del gráfico seria asi (por favor corrijanme si esta mal):
    Si hay 5 veces mayor concentracion de enzima A que de B, va a haber igual cantidad de producto formado en menor cantidad de tiempo, es decir el producto se forma más rápido. Por ende, la velocidad va a ser diferente (porque la concentracion de enzima A es mayor a B), pero la cantidad de producto final, va a ser la misma.

    muchas gracias!

    besotes!!!
    MeLiii*
  32. Avatar de Krasel86
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    #22
    Claro... no se va a formar más producto porque haya más enzima... sólo se va a formar más rápido. Es importante aclarar que en el enunciado dice "a concentraciones no saturantes", porque si la enzima estuviera saturada a ambas concentraciones, la velocidad sería máxima, e igual en los dos casos.

    Salu2 y perdón por el error!
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    MeLiii* (31-May-2009)

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    #23
    Si ahora pide que grafique en el mismo gráfico la aparición de P en función del tiempo para dos preparaciones de la misma cantidad de Enzima y una concentración A de sustrato saturante, y una concentración B del mismo sustrato mucho menor: dibujarían una curva (la de conc A) con una meseta en el grafico, y la curva B sin llegar a la meseta en este grafico?
  35. Avatar de danysmcai
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    #24
    Agradeceria muucho si alguien me ayuda.lo del practico,uno anotaba un cuadro asi maso:
    Urea(ug/500ul) urea(mM) Vo (uM/min)
    50 0.55 0.058 0.060 etc
    100 1.11 0.078 0.08 etc
    ...
    900 10.0 0.294 0.226 etc
    con esto,q hago un promedio d las velocidades por concentracion,de ahi lo llevo a un grafico d M-M DE Vo/conc de S ? y el de de L-W,de la recta,como lo hago?q valores tomo? por favor q alguien me conteste!!!
  36. Avatar de Krasel86
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    #25
    Citar Originalmente publicado por Dickinson Ver post
    Si ahora pide que grafique en el mismo gráfico la aparición de P en función del tiempo para dos preparaciones de la misma cantidad de Enzima y una concentración A de sustrato saturante, y una concentración B del mismo sustrato mucho menor: dibujarían una curva (la de conc A) con una meseta en el grafico, y la curva B sin llegar a la meseta en este grafico?
    Depende del tiempo que dejés incubando... Si dejás el tiempo suficiente, ambas van a llegar al equilibrio, o a acabar todo el sustrato. Obviamente, a concentración saturante de sustrato, la enzima va a laburar a su velocidad máxima, y por lo tanto va a llegar antes al equilibrio, o a consumir todo el sustrato.
    A concentración baja de sustrato, e igual cantidad de enzima, la velocidad va a ser más baja, y el producto formado va a ser menor también.

    Si dejás poco tiempo de incubación, probablemente no llegues a ver la meseta, o la veas sólo en uno... Por eso, depende del tiempo. Es lo que pasaba en el práctico con las mesadas que teníamos bajas concentraciones de enzima, para una misma concentración sustrato: Obteníamos un gráfico de P(t) que era una recta, porque era todo en Vi.

    Adjunto el gráfico...

    Salu2!
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  38. Avatar de nowak
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    #26
    Citar Originalmente publicado por Krasel86 Ver post
    V(t) lo hicimos en clase...
    Con respecto al punto 1, me pide que use el método lineal, asumo que es el gráfico de dobles recíprocas. Al haber menos enzima, le cambio la Vmax pero no el Km, verdad?...
    Me confunde esa pregunta, nunca lo hice así.

    Salu2!
    claro, pero si la reaccion empieza de 0, para llegar a la velocidad maxima, tiene q partir de cero pienso yo... lo quiero decir, es q en mi opinion, el grafico seria la hiperbole comun y silvestre de la michaelis-menten, porq empieza de 0 y llega a su velocidad maxima en la meseta, obviamente q despues cae.

    lo q no me explico del grafico es como arrancas con una velocidad maxima =), por eso propongo este
  39. Avatar de Krasel86
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    #27
    Citar Originalmente publicado por danysmcai Ver post
    Agradeceria muucho si alguien me ayuda.lo del practico,uno anotaba un cuadro asi maso:
    Urea(ug/500ul) urea(mM) Vo (uM/min)
    50 0.55 0.058 0.060 etc
    100 1.11 0.078 0.08 etc
    ...
    900 10.0 0.294 0.226 etc
    con esto,q hago un promedio d las velocidades por concentracion,de ahi lo llevo a un grafico d M-M DE Vo/conc de S ? y el de de L-W,de la recta,como lo hago?q valores tomo? por favor q alguien me conteste!!!
    Para graficar MM, lo que hacés es sacar la Vi para cada concentración de sustrato, haciendo deltaP-deltaT en cada uno de ellos (asegurándote de que estás en Vi, sino, no sirve).
    Entonces, vas a tener una serie de puntos para completar en un gráfico de Vi en función de [S]. Si lo hacés con muchos puntos, teóricamente debería darte la clásica hipérbola de MM. Pasa que experimentalmente es difícil poder hacerlo y que te de bien, por problemas técnicos.
    Entonces, para averiguar Km y Vmax te conviene usar L-B, ya que al ser una recta, usando sólo dos valores de Vi y [S], podés obtener una buena aproximación de los parámetros cinéticos de la enzima.

    Salu2!
  40. Los siguientes usuarios agradecen a Krasel86 por haber posteado información muy útil:

    MeLiii* (31-May-2009)

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