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App web ayuda a explorar la genética del cáncer

App web ayuda a explorar la genética del cáncer

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    App web ayuda a explorar la genética del cáncer

    Como la secuenciación de genes se ha vuelto más rápida y más barata, los clínicos y los investigadores son capaces de usar los datos genómicos para estudiar, diagnosticar y desarrollar un curso de tratamiento para una variedad de cánceres individuales. MAGI, una herramienta de código abierto desarrollado por investigadores de la Universidad de Brown, permite a los usuarios comparar sus datos con los enormes conjuntos de datos genéticos sobre el cáncer.



    La herramienta – apodada MAGI, por Mutación de Anotación e Interpretación del Genoma - es una aplicación web de código abierto que permite a los usuarios buscar, visualizar y realizar anotaciones en grandes conjuntos de datos genéticos públicos sobre el cáncer, incluidos los datos del proyecto Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA).
    "La principal motivación para MAGI ha sido reducir la carga computacional requerida para investigadores o médicos para explorar y anotar los datos de la genómica del cáncer", dijo Max Leiserson, un doctorando estudiante de Brown, que dirigió el desarrollo de la herramienta. MAGI permite a los usuarios explorar estos datos en un navegador web normal y sin ninguna experiencia computacional muy compleja.

    Además de ver los datos del TCGA, el portal también permite a los investigadores cargar los datos que hayan recogidos por su cuenta y comparar los resultados con los de las bases de datos más grandes.
    "Durante la última década, los investigadores que trabajan con TCGA han secuenciado los genes de miles de tumores y docenas de tipos de cáncer, en un esfuerzo para entender que las mutaciones contribuyen al desarrollo del cáncer", dijo Ben Raphael, director del Centro de Brown Computacional y de Biología Molecular, que ayudó a supervisar el proyecto. "Al mismo tiempo, como la secuenciación se ha vuelto más rápida y más barata, los investigadores han comenzado a aportar muestras de sus propios estudios, a veces de sólo unos pocos tumores."
    Por la posibilidad de subir sus datos a MAGI, los investigadores pueden aprovechar los grandes conjuntos de datos públicos para ayudar a interpretar sus propios datos.

    "En la genómica del cáncer, hay un valor real en las muestras de gran tamaño porque las mutaciones son diversas y repartidas por todo el genoma", dijo Raphael.
    MAGI tiene datos de TCGA ya cargados. Los usuarios pueden buscar por tipo de cáncer, por los genes individuales o por grupos de genes. La salida ofrece varias formas de visualizar los resultados de la búsqueda, que muestran con qué frecuencia está mutando un gen dado a través de muestras, qué tipos de mutaciones eran, y otra información.
    Sin duda, una aplicación web imperdible.


    Traducido y editado por el Equipo Editorial de Mancia.org



    Fuente: “Web app helps researchers explore cancer genetics” en Brown.edu
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  2. Los siguientes usuarios agradecen a Editoriales por haber posteado información muy útil:

    ramiro sotelo (02-Jan-2016)

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